广义的红色警戒2包括RA2（原红警2）和YR（尤里的复仇），可以算是两个相对独立的游戏，当然其MOD也是分开的。YR是RA2的资料片(expansion，游戏发行者官方对游戏内容扩展所得作品)，其英文全名是Command and Conquer:Yuris Revenge，没有"Red Alert"字样。共和国之辉是RA2的一个早期MOD，心灵终结是YR的一个现代MOD。于是题主把共辉和YR并列在一起，还把心灵终结直接跟在RA2后面是不科学的。下面就RA2和YR分别列举一些值得一玩的MOD。
以下MOD大多数可以在我的个人网盘拿到下载地址：
====2022年9月更新====
如果要我在2022年推荐一款带有中国、新鲜元素多、上手难度不高，容易玩得爽的红警2MOD，那么这款《世纪之战》将会是我的首推。
====2020年年末更新====
Ares平台发展了这么多年终于变得稳定成熟了，早年的存档问题和联机稳定性问题基本解决了，现在实在是太香，于是各大仍然活着的以及新生的mod纷纷投入其怀抱，这里先列举几款：
和别的一些大作（比如MO 3.X）不同，此作品的改动幅度是最令我舒服的，加的新元素不少，原版的要素也很大程度地保留了。
作者比较高能，把Ares平台进一步开发，衍生出自己的产品HAres，加上了自己需要的一些新功能，比如下面视频中，选中的目标的生命值以数字的形式显示出来了。
带三阵营新任务，朲哥暂时没时间去全部打通，这里先随便贴个视频。MOD版本比较旧，一些新特性没显示出来。
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此作品其实是一个2005年就在MODDB发布的老作品，还好作者没弃坑，在Ares逐渐成熟之后与时俱进，发布了适配Ares的新版本，最近的更新频率也比较可喜。
使用了CNCNet，在其客户端中加入了任务地图选择关卡的功能，可以自由选择RA2、YR原版任务中的任何一关开始游戏，TS(Tiberian Sun，泰伯利亚之日，红警的前身游戏)和其资料片FS（Fire Storm，烈火风暴）的任务也在逐步移植，TS的已经大部分完成。
属于原版风作品，苏军和盟军各自合并成一个国家，少量加点东西，再加入TS中的GDI和Nod。
多人游戏加入多种游戏模式：
总之，是一个很适合老玩家重温的作品。
RA3风格，4阵营，带新任务。
也使用了CNCNet，可以选关，盟军苏军尤里各有8关新任务。
====旧答案====
RA2：
兵临城下4 ——超多高水准原创素材，音效很HIGH，爆炸效果适度美化。
兵临城下4地狱火版 ——完美继承和发扬了MOD原作特点，又加入了几曲好听的BGM。
狂狮怒吼 ——几乎是最早的带普通话配音的MOD。
泰伯利亚前夜 ——中国崛起最新发展版，细小而精致的修改。
血腥战场 ——三部曲：初代、最终幻想
、黄金版。超多新武器，原创素材多，战斗场面火爆，步兵死亡会留下血迹。
觉醒1 ——自带200关新战役，适合任务关爱好者。
YR：
心灵终结(Mental Omega) —— 带新战役，流行的版本分2和3，各有特色，都可以体验下。MO3的最新版本有第4阵营。
—— 素材多，真4阵营MOD的典范。其早期版本（2.0~2.5）能看到心灵终结的影子。
零点行动 —— 带新战役（2版还有，3版没有了），移植自命令与征服
的另一分支系列《将军》，铁血风格十足。
世纪之战 —— 素材多，真4
阵营MOD的后起之秀。
丧命时刻 —— 原创素材力MAX，恰到好处的戏谑风格。
无敌之师 —— 重在调而不在添，简约而不简单。
重返荣耀 —— RA3风格。
共和国之辉新世纪 —— 素材多，AI强。
隐风之龙 —— 在YR的MOD里算是一个比较有名气的早期MOD，当年盗版碟里都能找到。不过在后来这么多优秀的MOD里一比较，还是显得比较平庸了。在原制作组“川威红警DIY”不再更新这个MOD后，这个MOD经过了不少爱好者的修改，首先是号称获得了授权的AY，接着我本人也去改了一版，然后又是大头立、火枪等人来改了，真是群魔乱舞。川威留下的这个MOD啊，excited!
成王败寇 —— 由隐风之龙改编而来，已然自成一派。
复活（Reborn） —— 素材多而整齐，无杂乱之感，带BGM。能看到心灵终结的影子。
Mashup —— 把TS(Tiberian Sun，红警2引擎的前身)的东西移植进来了，和RELOADED类似。
D-Day —— 真·二战兵器素材展览大会
Robot Storm —— 原创素材，几乎全替换。
Future Crisis —— 原创素材，几乎全替换。
阴云密布2 ——带新战役，题材是解放某岛，背景是窄了点。
----以下是下限突破的超级恶搞型MOD，不过看起来还是用心在恶搞的，认真玩家慎入----
草木皆兵
炙红誓言
和谐中国
独立整合版：
反恐联盟 —— 修改自尤里的复仇，使用了修改过的游戏执行文件，颇有跳出三界外之态。系真4阵营MOD的始祖。大规模调整相克关系，设置兵种建造上限，强调多兵种配合作战，然而又显得有些矫枉过正，能适应它的人不会很多（１Ｖ７玩家：还能不能好好玩耍了？）。配音不仅有普通话，还有四川方言。========
持续更新中……
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